• בקטריוריה אסימפטומטית – במצב זה, האבחנה נערכת באמצעות בדיקת שתן אשר נעשתה באופן אקראי והראתה קיומם של חיידקים בשתן.
• דלקת של שלפוחית השתן, ציסטיטיס – הסימפטומים הקלאסיים כוללים כאב בעת מתן שתן (דיסאוריה), תכיפות בהשתנה ודחיפות במתן שתן (תחושה ש"דחוף" להטיל שתן). השתנה לילית (נוקטוריה), היסוס בעת מתן שתן, כאב או אי נוחות באזור האגן או מעל האגן ודם בשתן אף הם ממצאים מתועדים נוספים. במידה ויש כאב במותן או בגב, או כאשר יש חום, זהו לרוב סימן לכך שיש מעורבות של דרכי השתן העליונות ופיילונפריטיס.
• פיילונפריטיס – במצב של פיילונפריטיס שאיננו חמור, לעיתים יהיה חום נמוך וכן כאב בגב או במותן. פיילונפריטיס חמור ילווה לרוב בחום גבוה, בחילות, הקאות וכאבים במותן. במרבית המקרים הסימפטומים יתחילו באופן חריף, ולא תמיד ילווו בתלונות הקשורות לדלקת בשלפוחית השתן. החום הוא המאפיין העיקרי המבדיל בין פיילונפריטיס לבין דלקת פשוטה של שלפוחית השתן, והוא לרוב גבוה ועובר בתום 72 שעות מתחילת הטיפול. אצל חולי סוכרת, מלווה פיילונפריטיס בסיבוכים נוספים, אחד מהם נקרא Emphysematous pyelonephritis , מצב בו יש ייצור של גז ברקמות הכליה וברקמות מסביב לכליה. לעיתים עלול להתפתח אבצס – יש לחשוד בכך כאשר החום ממשיך או יש נוכחות עיקשת של בקטרמיה (חיידקים בדם) למרות טיפול אנטיביוטי. חולים הסובלים גם מאבנים בדרכי השתן, ובעיקר מחסימת אגן הכליה על ידי אבן, מצב הנגרם על ידי אבן staghorn , מועדים יותר לפתח פיילונפריטיס קסנטוגרנולומטוטי: מצב המאופיין על ידי הרס מוגלתי של רקמת הכליה והמחייב את הסרתה. אצל תינוקות, פיילונפריטיס יכול להסתמן כהפרעה בהאכלה, עצבנות וירידה במשקל, כאשר חום אצל ילדים קטנים ללא מוקד ברור לחום (כגון דלקת ריאות) צריך להחשיד לקיום פיילונפריטיס ועל כן יש לקחת בדיקות שתן בכל מקרה כאמור.
