הטיפול במצבים של דלקת מורכבת בדרכי השתן- Complicated UTI , צריך להיעשות באופן אינדיבידואלי. בכל אופן, מצבים קשים הכוללים למשל פיילונפריטיס קסנטוגרנולומטוטי מחייבים ביצוע ניתוח נפרוקטומי (כריתת הכליה הפגועה). במצבים של פיילונפריטיס אמפיזמטוטי אשר מתרחש אצל חולי סוכרת בעיקר, ניתן לשקול בשלב הראשון ניקוז דרך העור ובהמשך ניתוח להסרת הכליה.