כלים אבחנתיים נוחים לשימוש הם סטיק שתן ) urine dipstick ( וביצוע בדיקת שתן כללית, כמו גם תרבית שתן לאישוש ממצאים חיידקיים:
• סטיק שתן
בסטיק שתן ניתן לראות ניטריטים המעידים על פעילות של חיידקי מעיים )חיידקי מעיים הם היחידים אשר יכולים להפוך ניטראט לניטריט(. עם זאת, לא תמיד ניתן לאתר ניטריטים גם כאשר יש עדות לחיידקי מעיים בדרכי השתן.
מצב זה מתרחש אצל נשים אשר צורכות הרבה נוזלים וכתוצאה מכך מטילות שתן תכופות, באופן שאינו מאפשר לניטריטים כאמור להצטבר. כדי לאתר את האנזים אשר הופך ניטראט לניטריט ניתן להשתמש במבחן הקרוי leukocyte esterase test ממצאים של ניטריט או מבחן חיובי לאנזים עצמו מעידים על אבחנה ("תוצאה חיובית"). דם בשתן גם יכול לשמש כאבחנה של דלקת בדרכי השתן. סטיק שתן שהוא שלילי הן לניטריטים והן לקיום האנזים ("תוצאה שלילית") יכול להעיד על הסבר אחר לסימנים הקליניים שמציגים החולים ולכן יש במצב זה לקחת תרבית שתן ובדיקת שתן כללית.
• בדיקת שתן כללית
בדיקה זו מגלה נוכחות של תאי דם לבנים בכמעט כל המקרים של דלקת בשלפוחית השתן בנוסף להמטוריה (דם בשתן) בכ 30%- מן המקרים.
• תרבית שתן
הימצאות של חיידקים בתרבית שתן נחשבת ל- gold standard באבחנה של דלקת בדרכי השתן. עם זאת, לא ניתן לקבל תוצאות של תרבית במהלך 24 השעות הראשונות לאחר הגעת החולים ולעיתים אבחנה מדויקת דורשת יממה נוספת. אצל ילדים, קיום מעל 100,000 מושבות של חיידק, או מעל 10,000 מושבות חיידק עם קליניקה מתאימה- מהווה אבחנה של דלקת בדרכי השתן. אצל תינוקות, קיים קושי לקחת תרבית שתן וניתן להשתמש בקתטר שתן או בשקית המוצמדת לחיתול.
• הדמיה
הדמיית דרכי השתן באמצעים שונים נעשית בעיקר אצל ילדים עם דלקות בדרכי השתן, כאשר מטרת הדמיה תהיה בחינת מומים אנטומיים (כגון רפלוקס) המביאים לעליה בסיכון לדלקות חוזרות ולהצטלקות רקמת הכליה כתוצאה מכך. כך למשל, אצל ילדים הסובלים מפיילונפריטיס יש לבצע אולטרא-סאונד של דרכי השתן כדי לשלול הפרעות שונות, הגדלת אגני הכליה ומומים מסוימים. בדיקה נוספת קרויה VCUG- voiding cystourethrogram (אנ') – בה ניתן להעריך קיום של רפלוקס של דרכי השתן, והיא נעשית במקרים בהם יש יותר מאירוע אחד של דלקת בדרכי השתן או קיום של פיילונפריטיס אצל ילדים. ברוב המקרים בדיקה זו מזהה VUR , רפלוקס של דרכי השתן (אנ'), אשר גרמה להתהוות הדלקת. US הוא כלי דימות פחות מדויק מה- VCUG , ומזהה רק 40% ממקרי הרפלוקס, ועל כן גם כאשר ה- US נורמלי לא ניתן לשלול רפלוקס של דרכי השתן. בדיקה המאפשרת לזהות פיילונפריטיס וכן מהווה אמצעי להערכת מידת הנזק לכליה, קרויה בדיקת מיפוי כליות- DMSA (אנ') . בדיקה זו לרוב מבוצעת בנוכחות רפלוקס מאובחן של דרכי השתן, כאמצעי להעריך האם יש הצטלקות כלייתית. ממצאים נורמליים בבדיקה זו מצביעים על כך שככל הנראה אין הצטלקות כלייתית.