בדלקת פשוטה של שלפוחית השתן, תלונות על כאב בהשתנה, דחיפות או תכיפות בהשתנה לרוב יכוונו לאבחנה וללא צורך בנטילת תרבית שתן. עם זאת, מחלות שונות כגון זיבה, כלמידיה, מחלות מיקופלזמתיות וטריכומוניאזיס, גורמות לתסמינים דומים לאלו של דלקות בדרכי השתן. אי לכך, חשוב לאבחן מצבים אלו ולטפל בהם גם.
בכל המצבים האחרים שאינם מוגדרים תחת דלקת פשוטה של שלפוחית השתן )כלומר מצבים של פיילונפריטיס, דלקת אצל נשים בהריון, גברים או חולים עם קתטר למשל( יש לבצע תרבית שתן ובדיקת שתן כללית ולטפל בהתאם. אצל גברים קיימת חשיבות נוספת לכך, היות שלעיתים התסמינים הקליניים קשורים בדלקת כרונית של הערמונית, אשר לרוב איננה קשורה לזיהום חיידקי ולכן טיפול אנטיביוטי לא בהכרח יעזור.
